Prvý známy konvenčný archeologický výskum cintorína pri kostole sv. Margity v Kopčanoch uskutočnila v roku 1961 Ľ. Kraskovská . Pri kostrách odkrytých v pásovej sonde severne od kostola nenašla žiadne nálezy dovoľujúce ich datovanie, vlastný kostol považovala za ranogotický. Ku skúmaniu cintorína a kostola sa vrátila v rokoch 1994-1996 V. Drahošová . Štyrmi sondami po obvode kostola a jednou v interiéri opätovne zachytila kostrové hroby bez akejkoľvek výbavy a západne od kostola v sonde 2/94/95 fragmenty staršieho muriva neskôr identifikovaného ako základy predsiene.
Za zásadný medzník možno považovať rok 1998, kedy začal vykonávať systematický archeologický výskum celého katastra Kopčany Pamiatkový úrad SR.
V roku 2004 boli objavené P. Baxom pri kostole sv. Margity hroby z 9.- zač. 10. stor. datujúce vznik kostola do veľkomoravského obdobia.