Antropologický rozbor kosterních ostatků z archeologických výzkumů u kostela sv. Mikuláše provedl Ústav antropologie Přirodovědecké fakulty MU v Brně. Zkoumáno bylo tedy 57 jedinců, z toho 24 žen, 16 mužů a 17 dětí. Kosterní materiál se nacházel ve velmi dobrém stavu, budování pozdější infrastruktury Českých Budějovic a časté převrstování pohřbů se však podepsalo na značné nekompletnosti materiálu.
Ženy, jako nejpočetněji zastoupená skupina (42,11 %), se dožívaly průměrného věku 34,3 roku, s rozpětím dožitého věku 20-50 let. Jejich tělesná výška se pohybovala v intervalu 147-171 cm, "průměrná" žena měřila 158,6 cm. Jak u dožitého věku, tak u tělesné výšky jde o odhady, které však příliš nevybočují z hodnot uváděných pro středověké populace.
Muži (28,1 %) se dožívali v průměru vyššího věku, a to 40,2 let. Tento věk, společně s průměrnou výškou postavy 167,7 cm (rozmezí 154-178 cm), se stejně jako u žen neliší od srovnatelných středověkých populací. I když v tomto srovnání dokonce pohřbení u kostela sv. Mikuláše patřili mezi osoby nadstředně vysoké, do hodnot běžných u soudobého českého obyvatelstva jim stále scházelo zhruba 11 cm.
Dětské kostry jsou z hlediska jejich stáří mnohem snáze zařaditelné než kostry dospělých. Prudký vývoj v období růstu je dobře zdokumentován a odráží se i na kostech, čímž vzniká pestřejší a hlavně přesnější systém věkových kategorií. Zkoumané dětské pozůstatky zhruba pokrývaly většinu tohoto spektra, od novorozenců až po dospívající těsně před prahem dospělosti. Průměrná délka dožití u dětí dosahovala 7,9 roku, pokud k tomu též započítáme jedince už téměř dospělé, tato hodnota vzroste na 9 let. To je číslo poměrně vysoké, ve srovnatelných souborech se za průměrný věk úmrtí u dětí udává 5-6 let.
Běžně nalézané jsou také u historických populací stopy po traumatech či nemocích, které sužovaly tehdejší obyvatelstvo. Že se jednalo o širokou škálu patologií dokazují jednak nemoci zcela běžné, související se stářím či těžkou prací (příkladem budiž vysoký výskyt artritických změn na páteři, dlouhých končetinách nebo čelistním kloubu), nemoci signalizující nedostatečnou výživu či genetickou poruchu (křivice), nemoci přenášené pohlavně (syfilis), traumata (zlomenina obratle) a v neposlední řadě velmi špatný stav chrupu, v některých případech i kombinovaný se zánětlivým procesem.